Seorang penyendiri di sekolah menengah diberikan pekerjaan paruh waktu seumur hidup sebagai ninja modern yang ditugaskan untuk melakukan pembunuhan internasional. Setelah Perang Dunia II, Komando Sekutu di Jepang mengembangkan sebuah badan baru untuk membantu menangani terorisme dan kekerasan di kawasan Pasifik. Badan tersebut memiliki staf ninja dan mereka awalnya ditugaskan untuk menangani urusan rumah tangga. Akhirnya program tersebut berkembang menjadi seperti sekarang, mengelola 20.000 ninja di berbagai urusan domestik dan internasional. Salah satu ninja itu adalah Kudo. Si pecundang berusia tujuh belas tahun di sekolah menengah kini siap menjadi garis pertahanan berikutnya melawan potensi lonjakan pembunuh asing yang menyerang Tokyo.