Setelah melewati berbagai cobaan berat di Sanctuary, Subaru Natsuki dan sekutunya akhirnya berhasil melangkah maju. Namun kedamaian itu tidak berlangsung lama. Dunia yang mereka tempati masih dipenuhi konflik politik, kekuatan misterius, serta ancaman dari organisasi berbahaya seperti Witch Cult. Dalam musim ini, Subaru kembali dihadapkan pada takdir brutal yang menguji batas mental dan emosinya. Dengan kemampuan Return by Death, ia harus terus mengulang waktu untuk mencari jalan terbaik demi melindungi orang-orang yang ia sayangi, termasuk Emilia yang kini semakin dekat dengan takdirnya sebagai kandidat penguasa kerajaan. Sementara itu, berbagai rahasia tentang para penyihir, sejarah dunia, serta kekuatan yang mengikat Subaru dengan kematian perlahan mulai terungkap. Setiap keputusan membawa konsekuensi besar, dan kesalahan sekecil apa pun dapat berakhir dengan tragedi.