Hiiragi Utena selalu mengagumi gadis penyihir dan berfantasi untuk berubah menjadi pahlawan wanita keren yang melawan kejahatan. Jadi, ketika sosok seperti boneka mendekatinya suatu malam, mengklaim bahwa dia memiliki kekuatan magis yang tertidur di dalam dirinya, dia gemetar karena kegembiraan. Tapi mimpinya yang penuh warna dengan cepat hancur dalam kejadian yang ironis ketika dia berubah menjadi penjahat! Karena tidak tertarik untuk bergaul dengan kekuatan jahat, dia mencoba berhenti ketika sekelompok gadis penyihir muncul dan menyatakan perang. Pertempuran pun terjadi dan Hiiragi segera menyadari bahwa dia menikmati menyakiti orang lain saat sifat aslinya mulai muncul. Mahou Shoujo ni Akogarete mengikuti Hiiragi saat dia memulai kehidupan barunya sebagai pemimpin penjahat, bertarung melawan gadis penyihir dan menuruti sifat sadis barunya sepuasnya.