Ceritanya menampilkan Takuto Ira, yang setelah meninggal akibat penyakit, bereinkarnasi ke dalam dunia mirip game strategi fantasia Eternal Nations sebagai pemimpin peradaban jahat Mynoghra, bersama pengikut setianya, penyihir lumpur Atou, Alih-alih menaklukkan dunia dengan kekerasan, Takuto membangun sebuah negara damai yang menarik pengungsi dari berbagai ras—terutama korban rasisme dari negara manusia—menggunakan cheat ala game seperti eksploitasi sistem yang ada . Dia fokus pada pembangunan dalam negeri dan strategi jangka panjang, menghadapi tantangan moral dan politik dalam usahanya memimpin peradaban dingin yang dianggap "jahat" oleh dunia. Isekai Mokushiroku Mynoghra menyajikan isekai yang berbeda: alih-alih petualangan solo, fokusnya pada kepemimpinan negara, diplomasi ras, dan strategi mengelola peradaban. Dengan latar game strategi dan karakter-karakter unik, anime ini menarik untuk siapa pun yang menyukai fantasi politik, intrik kompleks, serta keseimbangan antara moral dan kekuasaan.