Setelah lima tahun memendam perasaan tak terucapkan, siswa sekolah menengah Taiju Ooki akhirnya siap menyatakan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun, tepat ketika Taiju memulai pengakuannya, cahaya hijau yang menyilaukan menghantam Bumi dan membatu umat manusia di seluruh dunia — mengubah setiap manusia menjadi batu. Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun untuk menemukan dunia modern sama sekali tidak ada, karena alam telah berkembang selama bertahun-tahun umat manusia diam. Di antara patung-patung dunia batu, Taiju bertemu dengan manusia hidup lainnya: temannya yang mencintai sains, Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah mengembangkan skema besar—untuk meluncurkan kebangkitan penuh peradaban dengan sains. Otot Taiju dan otak Senkuu bergabung untuk menjalin kemitraan yang hebat, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali mereka yang membatu. Namun, rencana induk Senkuu terancam saat ideologinya ditantang oleh mereka yang terbangun. Sementara itu, alasan membatu umat manusia masih belum diketahui.